Nhắc đến bóng đá nữ Thủ đô vào những năm đầu của thế kỷ XX không ai mà không nhớ đội bóng nữ Hà Nội Hoa học trò, đây được xem là cái nôi của bóng nữ Thủ Đô. Và khi Giải bóng đá nữ vô địch quốc gia ra đời năm 1998 thì cũng là lúc Câu lạc bộ bóng đá nữ Hà Nội được thành lập. Huấn luyện viên người Trung Hoa có tên là Giả Quản Thác là huấn luyện viên đầu tiên dẫn dắt các cô gái Thủ Đô lên ngôi vô địch lần đầu tiên vào năm đó. Ông cũng thành công với đội nữ Hà Nội với 3 lần giành chức vô địch liên tiếp các năm sau đó từ năm 1998 đến năm 2001.

Năm 2010, Câu lạc bộ đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá nữ Hà Nội Tràng An I vì khi đó đội bóng được sự tài trợ của Tràng An. Từ năm 2012 đến năm 2017, Câu lạc bộ đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá nữ Hà Nội I.[2] Mùa giải 2018 và 2019, câu lạc bộ mang tên Câu lạc bộ bóng đá nữ Hà Nội.

Ở mùa giải 2020, câu lạc bộ có tên mới là "Hà Nội I Watabe", dưới sự dẫn dắt của Huấn luyện viên Nguyễn Anh Tuấn.